Current on Castro Lab

Liceth Martínez

ecastron@utalca.cl (Eduardo Castro) — Mon, 27 Apr 2026 00:00:00 +0000

En español:

Estudiante de Microbiología, actualmente realiza su pasantía centrada en el análisis metagenómico de secuencias virales provenientes del fiordo de Comau, abordando su diversidad y potencial funcional en relación con los ciclos biogeoquímicos, mediante el uso de herramientas bioinformáticas.

Sus intereses se centran en la ecología microbiana y viral con un enfoque investigativo que abarca desde la obtención de muestras ambientales hasta su análisis bioinformático, buscando comprender el rol de estas comunidades en los diversos ecosistemas.

In English:

Microbiology student currently completing her internship focused on the metagenomic analysis of viral sequences from the Comau fjord, addressing their diversity and functional potential in relation to biogeochemical cycles, through the use of bioinformatics tools.

Her interests center on microbial and viral ecology, with a research approach that spans from the collection of environmental samples to their bioinformatic analysis, seeking to understand the role of these communities in diverse ecosystems.

Esperanza Rojas

ecastron@utalca.cl (Eduardo Castro) — Sun, 01 Feb 2026 00:00:00 +0000

I am currently developing my research in the bioprospecting of enzymes with biotechnological potential. My work focuses on the analysis of metagenomic data from environmental samples, where I apply sequence processing and filtering tools to identify enzyme candidates. I have a deep interest in combining this with molecular biology and protein engineering, with the aim of experimentally characterizing enzymes and evaluating their potential application in technological solutions with environmental or industrial impact.

Actualmente desarrollo mi investigación enfocada en la bioprospección de enzimas con potencial biotecnológico. Mi trabajo se centra en el análisis de datos metagenómicos de muestras ambientales, donde aplico herramientas de procesamiento y filtrado de secuencias para identificar candidatos a enzimas. Tengo un profundo interés en combinar esto con la biología molecular y la ingeniería de proteínas, con el objetivo de caracterizar experimentalmente enzimas y evaluar su posible aplicación en soluciones tecnológicas de impacto ambiental o industrial.

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Lucas Casanova

ecastron@utalca.cl (Eduardo Castro) — Tue, 28 Apr 2026 00:00:00 +0000

En español:

Ingeniero Civil en Bioinformática, con interés en genómica y metagenómica. Estudiante de Doctorado en Ciencias mención Modelado de Sistemas Químicos y Biológicos. Enfocado en seguir aprendiendo sobre las interacciones de comunidades bacterianas.

Intereses en: Genómica, Metagenómica, Epigenética, Evolución.

In English:

Bioinformatics Engineer, with interests in genomics and metagenomics. PhD student in Sciences with a specialisation in Modelling of Chemical and Biological Systems. Focused on continuing to learn about the interactions of bacterial communities.

Interests: Genomics, Metagenomics, Epigenetics, Evolution.

Patricio Suazo Soto

ecastron@utalca.cl (Eduardo Castro) — Tue, 21 Apr 2026 00:00:00 +0000

En español:

Tecnólogo médico con experiencia en Microbiología Clínica en Hospital de alta complejidad en Chile. Máster en Microbiología, con especialización en conservación y caracterización bioinformática de proteínas de membrana y su posible interacción con ligandos clave. Estudiante de doctorado en Ciencias Biomédicas realizando investigación en el Centro de Ecología Integrativa de la Universidad de Talca. Mis intereses actuales están enfocados en comprender las interacciones de comunidades microbianas a diferentes escalas, sus cambios a lo largo del tiempo en respuesta a perturbaciones abióticas y antropogénicas, y su valor ecológico.

Intereses en: Ecología Microbiana, Resistencia Antimicrobiana, Salud Planetaria, Microbiología Ambiental.

In English:

Medical technologist with experience in Clinical Microbiology at a high-complexity hospital in Chile. Master’s degree in Microbiology, specialising in the conservation and bioinformatic characterisation of membrane proteins and their potential interactions with key ligands. PhD student in Biomedical Sciences conducting research at the Centre for Integrative Ecology, Universidad de Talca. My current interests focus on understanding microbial community interactions at different scales, their changes over time in response to abiotic and anthropogenic disturbances, and their ecological value.

Interests: Microbial Ecology, Antimicrobial Resistance, Planetary Health, Environmental Microbiology.

Valentín Berríos

ecastron@utalca.cl (Eduardo Castro) — Sun, 01 Mar 2026 00:00:00 +0000

En español:

estudio fisicoquímica cuántica molecular

In English:

Daniela Soto

ecastron@utalca.cl (Eduardo Castro) — Thu, 23 Apr 2026 00:00:00 +0000

En español:

Daniela es bioquímica de la Universidad de Chile y doctora en Biología Marina de la Universidad Austral de Chile. Su línea de investigación se centra en la ecología e interacciones bióticas de microorganismos ambientales, utilizando técnicas de secuenciación masiva y bioinformática. Su experiencia incluye el estudio de microorganismos de nieve antártica, la microbiota asociada a bosques de Macrocystis pyrifera y los cambios en la diversidad de la microbiota de roedores y murciélagos en ambientes fragmentados del sur de Chile.

Actualmente es la investigadora responsable del proyecto FONDECYT Postdoctorado CryoRoads: an eco-genomic framework to unveil the biogeography and dispersion of Antarctic snow algae, que busca identificar vías de dispersión de algas de nieve, diferenciar especies cosmopolitas y endémicas de la Antártica, y comprender los factores que influyen en el establecimiento de comunidades microbianas.

Publicaciones vinculadas al proyecto actual:

Soto, D.F., Fuentes, R., Huovinen, P., & Gómez, I. (2020). Microbial composition and photosynthesis in Antarctic snow algae communities: integrating metabarcoding and pulse amplitude modulation fluorometry. Algal Research, 45, 101738.

Soto, D.F., Franzetti, A., Gómez, I., & Huovinen, P. (2022). Functional filtering and random processes affect the assembly of microbial communities of snow algae blooms at Maritime Antarctic. Science of the Total Environment, 805, 150305.

Soto, D.F., Gómez, I., & Huovinen, P. (2023). Antarctic snow algae: unraveling the processes underlying microbial community assembly during blooms formation. Microbiome, 11(1), 200.

In English:

Daniela holds a degree in Biochemistry from the Universidad de Chile and a PhD in Marine Biology from the Universidad Austral de Chile. Her research focuses on the ecology and biotic interactions of environmental microorganisms, using high-throughput sequencing and bioinformatics. Her experience includes the study of Antarctic snow microorganisms, the microbiota associated with Macrocystis pyrifera kelp forests, and changes in the microbial diversity of rodents and bats in fragmented environments of southern Chile.

She is currently the principal investigator of the FONDECYT Postdoctoral project CryoRoads: an eco-genomic framework to unveil the biogeography and dispersion of Antarctic snow algae, which aims to identify dispersal routes of snow algae, differentiate cosmopolitan from endemic Antarctic species, and understand the factors governing the establishment of microbial communities.

Project-related publications:

Soto, D.F., Gómez, I., & Huovinen, P. (2023). Antarctic snow algae: unraveling the processes underlying microbial community assembly during blooms formation. Microbiome, 11(1), 200.

Eduardo Castro-Nallar

ecastron@utalca.cl (Eduardo Castro) — Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 +0000

Eduardo Castro-Nallar earned a BSc in Biochemistry from the University of Santiago, Chile, in 2007, and a PhD in Biological Sciences from George Washington University in Washington, DC, USA, in 2015. He is a tenured Full Professor at the University of Talca, Chile, leading a research group on microbial genomics, ecology, and evolution. Additionally, he is a founding member of the Center for Integrative Ecology in Talca and serves as an Adjunct Researcher at the Computational Biology Institute at the George Washington University in Washington, DC, USA.

Eduardo’s primary research focuses on understanding how microbial communities respond to disturbances, maintain diversity, and contribute to ecosystem processes. To achieve this, his team employs molecular microbiology, high-throughput sequencing, computational biology, and fieldwork to study microbial communities in situ and in the laboratory. Eduardo has examined the spatial and temporal patterns of microbial diversity in Comau Fjord (42ºS), characterized the mobilome and resistome, and conducted in situ experiments to assess the impact of antibiotics used in aquaculture on microbial community diversity and function. Additionally, his group has studied the Antarctic and sub-Antarctic regions, investigating the origins and functions of the rhizosphere of Antarctic plants, their biotechnological potential for bioremediation, and, more recently, the biogeographic patterns of migration from southern South America to the Antarctic Peninsula.

Eduardo Castro-Nallar obtuvo su Licenciatura en Bioquímica de la Universidad de Santiago de Chile en 2007, y su Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad George Washington en Washington, DC, EE.UU., en 2015. Es Profesor Titular en la Universidad de Talca, Chile, donde lidera un grupo de investigación en genómica microbiana, ecología y evolución. Además, es miembro fundador del Centro de Ecología Integrativa en Talca y se desempeña como Investigador Adjunto en el Instituto de Biología Computacional de la Universidad George Washington en Washington, DC, EE.UU.

La investigación principal de Eduardo se centra en comprender cómo las comunidades microbianas responden a perturbaciones, mantienen la diversidad y contribuyen a los procesos del ecosistema. Para ello, su equipo emplea microbiología molecular, secuenciación de alto rendimiento, biología computacional y trabajo de campo para estudiar comunidades microbianas in situ y en el laboratorio. Eduardo ha examinado los patrones espaciales y temporales de diversidad microbiana en el Fiordo Comau (42ºS), caracterizado el mobiloma y el resistoma, y realizado experimentos in situ para evaluar el impacto de los antibióticos utilizados en acuicultura sobre la diversidad y función de las comunidades microbianas. Además, su grupo ha estudiado las regiones antártica y subantártica, investigando los orígenes y funciones de la rizosfera de plantas antárticas, su potencial biotecnológico para biorremediación y, más recientemente, los patrones biogeográficos de migración desde el sur de América del Sur hacia la Península Antártica.

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