People

Daniela Soto

Postdoctoral Researcher

Esperanza Rojas

Undergraduate Student

Eduardo Castro-Nallar

Full Professor · Principal Investigator

Recent Publications

More Publications

(2026). Distinct taxonomic signatures in the rhizobiome of two native plants from the polyextreme Salar de Huasco ecosystem. In: Environmental Microbiome, (21), pp. 42.

PDF Environmental Microbiome Google Scholar

(2026). Functional Shifts in the Gut DNA Virome in a Long-Distance Migratory Shorebird During the Pre-Migratory Fattening. In: Molecular Ecology, (35), 6, pp. e70315.

PDF Molecular Ecology Google Scholar

(2026). Gypsum as a repository of extinct and extant biosignatures at Salar de Pajonales, northern Chile. In: Frontiers in Astronomy and Space Sciences, p. 1693302, 2026.

PDF Frontiers in Astronomy and Space Sciences Google Scholar

(2026). The endomicrobiome and weed invasiveness in Mediterranean ecosystems worldwide. In: Nature Communications, 2026.

PDF Nature Communications Google Scholar

Protocols

Extracción de ADN desde Muestras de Biofilm Subgingival/Submucoso (Periodontitis y Periimplantitis)

Protocolo para la toma de muestra y extracción de ADN desde biofilm subgingival y submucoso en pacientes con periodontitis o periimplantitis, con purificación mediante kit comercial Zymo Research para análisis de microbioma por secuenciación de ARNr 16S.

Getting Started on McCartney — HPC User Guide

Everything you need to connect, transfer data, load software, and submit jobs on the McCartney high-performance computing cluster. Version 0.2.

McCartney SLURM Script Generator

Interactive web app to generate ready-to-submit SLURM job scripts for the McCartney HPC cluster — supports single-core, multi-core, job arrays, and scratch filesystem.

News

Beneath the spectacular waters of Patagonia’s Comau Fjord lives a hidden universe of microbes that regulate our climate, cycle nutrients, and bear the fingerprints of human activity. Here is what we found — and why it matters.

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A step-by-step walkthrough of the MAG-based community ecology analyses from our Comau Fjord seasonality paper — including complete R code for all five figures.

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Bienvenidos a la versión 2020 del curso de análisis de datos. Este curso es impartido a tres grupos de estudiantes: a los estudiantes de doctorado de los programas en biotecnología y en biociencias moleculares, BIO625 y BCM634, respectivamente, al igual que a los estudiantes de magíster en ciencias de la vida en el curso MCV502.

Este año, la parte práctica del curso estará disponible como un sitio web en el siguiente URL:

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Bienvenidos al curso precongreso del primer ISME LA. Más abajo encontrarás el link al curso con todas las instrucciones sobre cómo poner tu máquina a punto para poder comenzar.

En breve, el curso está diseñado de tal forma que el participante pueda comenzar desde cualquiera de las seis unidades según su interés. Las tres primeras unidades son relativamente introductorias, donde la Introducción a R es la que todos los participantes que son nuevos en R deberían comenzar. Luego análisis de 16S y análisis de diversidad presuponen cierta familaridad con R, su estructura de datos y funciones. Finalmente, hemos diseñado tres unidades que son relativamente más complejas. Estas son: búsqueda de genes en metagenomas, visualización y mejoramiento de MAGs, y finalmente redes de co-ocurrencia.

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