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Antes de comenzar

El trabajo práctico del curso se basa en el análisis de datos y visualización en el lenguaje y entorno computacional para análisis estadísticos y gráficos R, usando RStudio como plataforma de trabajo.

Por favor, sigue los pasos para instalar R, RStudio, y los paquetes de R necesarios para los análisis que practicaremos en el curso.

R y RStudio

El término R se refiere tanto al lenguaje de programación como al software que interpreta los scripts escritos usándolo. R es un software de libre acceso para computar análisis estadísticos y construir gráficos representativos. RStudio es la forma más popular y reconocida para escribir R scripts e interactuar con el software, funciona como interfaz gráfica de R, para hacer su uso más fácil e interactivo. Ambos están disponibles para Linux, MacOS y Windows.

¿Ya tienes R y/o RStudio instalados?

• Abre RStudio, haz clic en "Help" -> "Check for updates". Si hay una nueva versión disponible, cierra RStudio y descarga e instala la última versión (página de descarga de RStudio).
• Para saber qué versión de R estás usando, simplemente inicia RStudio y lo primero que verás en la consola es la versión de R, o bien, puedes escribir sessionInfo() en la consola de R o RStudio. Ve a la página de CRAN para ver si hay una versión más reciente de R disponible, si es así descarga e instala la última versión.

Instala R y RStudio

Necesitas instalar R antes de instalar RStudio.

• Dirígete a la página de CRAN y descarga e instala R, según corresponda para tu sistema operativo.
• Dirígete a la página de descarga de RStudio y descarga e instala RStudio, según corresponda para tu sistema operativo. Una vez instalado, abre RStudio y asegúrate de que no aparece algún mensaje de error en la consola.

¿Tienes algún problema o duda? Dale un vistazo a la página "Frequently Asked Questions" (FAQ) de R, o para Windows R for Windows FAQ.

¿MacOS? Te recomendamos instalar Xcode y XQuartz.

Instalar y cargar paquetes en R

Los repositorios de paquetes de R que vamos utilizar son: CRAN, Bioconductor y GitHub. Sigue los pasos a continuación para instalar y cargar la lista de paquetes del curso.

• Definir lista de paquetes según repositorio

cran_packages <- c("devtools", "igraph", "qgraph", "RColorBrewer", "tidyverse", "ggplots", 
    "gplots", "network", "sna", "seqinr", "plyr", "qtl", "magrittr", "grid", "gridExtra", 
    "dplyr", "pheatmap", "xtable", "kableExtra", "remotes", "Rtsne", "vegan")

bioc_packages <- c("phyloseq", "microbiome", "genefilter", "Rbowtie", "dada2", "DECIPHER", 
    "phangorn", "ggpubr", "BiocInstaller","DESeq2", "genefilter", "philr", "GenomeInfoDb", 
    "microbiome")

git_source <- c("zdk123/SpiecEasi", "hallucigenia-sparsa/seqtime", "briatte/ggnet", 
    "twbattaglia/btools", "gmteunisse/Fantaxtic", "MadsAlbertsen/ampvis2", 
    "opisthokonta/tsnemicrobiota", "")

git_packages <- c("SpiecEasi", "seqtime", "ggnet", "btools", "fantaxtic", "ampvis2", 
    "tsnemicrobiota")

• Instalar paquetes según reporitorio

# Instalar paquetes CRAN

.inst <- cran_packages %in% installed.packages()

if(any(!.inst)) {
  install.packages(cran_packages[!.inst])
}

# Instalar paquetes BioConductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

.inst <- bioc_packages %in% installed.packages()

if(any(!.inst)) {
  BiocManager::install(bioc_packages[!.inst])
}

# Instalar paquetes GitHub

.inst <- git_source %in% installed.packages()

if(any(!.inst)) {
  devtools::install_github(git_source[!.inst])
}

• Cargar paquetes y confirmar que fueron todos instalados correctamente

# Load packages into session
sapply(c(cran_packages, bioc_packages, git_packages), require, character.only = TRUE)

Finalmente, en la consola se muestra cada paquete acompañado de la palabra TRUE o FALSE, si todos los paquetes marcan TRUE significa que fueron cargados exitosamente.

Una vez instalados los paquetes en R, solo es necesario cargar aquellos necesarios a la sessión actual de R usando la función library()

# Cargar paquetes
library(tidyverse)
library(phyloseq)

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